Quản trị nguồn nước là một nội dung quan trọng trong chương trình đào tạo Nông nghiệp sinh thái của FFS-HEPA. Bởi trong một trang trại Nông nghiệp sinh thái, chỉ khi hiểu rõ và vận hành tốt hệ thống nguồn nước thì các hợp phần trồng trọt, chăn nuôi trong trang trại mới có khả năng hoạt động tốt; đặc biệt hơn khi các trang trại đó nằm ở những vùng đất dốc thì việc quản lý hiệu quả nguồn nước lại càng có ý nghĩa.